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DAPI与DNA中大部分A，T碱基相互结合的荧光染料﹐常用于荧光显微镜观测。因为DAPI可以透过完整的细胞膜﹐它可以用于活细胞和固定细胞的染色。当DAPI与双链DNA结合时，最大吸收波长为358nm，最大发射波长为461nm。

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用于动物/人体细胞或组织蛋白二维电泳

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生物缓冲试剂，可用于配制蛋白提取缓冲液、细胞培养用缓冲液等。有效缓冲范围为pH6.8-8.2。

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生化研究中酶活力的测定，也可用于细胞增殖检测。

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